Là tổ chức Hội Thánh nguyên thủy đầu tiên của đạo Cao Đài, hình thành từ tháng 4 năm 1926, hoàn chỉnh vào tháng 2 năm 1927. Đây là tổ chức Hội Thánh có ảnh hưởng lớn nhất và số tín đồ đông nhất (2,5 triệu 2012) với gần 400 họ đạo với 380 Thánh thất, 135 Điện thờ Phật Mẫu và gần 100 công trình đang xây dựng mới hoặc tu bổ, tổ chức chặt chẽ và hoàn bị nhất trong toàn thể tôn giáo Cao Đài. Hầu hết các chi phái khác đều tách ra từ Tòa Thánh Tây Ninh cũng như chịu ảnh hưởng phần lớn về cách thức tổ chức giáo hội cũng như kinh văn, nghi lễ cơ bản của Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh.

Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh vào năm 1934 đã ban hành Đạo nghị định thứ 8 không thừa nhận các chi phái là những tổ chức chính thống của đạo Cao Đài và xem các chi phái khác là bàng môn tả đạo (dị giáo). Cũng như không thừa nhận rằng đạo Cao Đài có 12 chi phái và Tòa Thánh Tây Ninh là nguồn gốc của các chi phái chứ không phải là một chi phái.